Məscid Naxçıvan şəhərinin mərkəzində, Nizami Gəncəvi küçəsi 4-də yerləşir. İbadət evi XVIII əsrdə inşa edilib. Lakin ibadətgahın giriş qapısının üztündəki kitabədə məscidin 19-cu əsrə aid olunduğu qeyd olunub. İbadətgah Məhəmməd Cəfər ağa adlı şəxs tərəfindən tikilib. Kitabədə yazılıb: “Bu Cəfəriyyə məscidi 1311-ci (1894) ildə naxçıvanlı mərhum Hacı Novruz oğlu Xeyrül-Hac Məhəmməd Cəfər ağanın səyi ilə inşa edilib”.
Məscidin kitabəsində abidənin memarına da işarə olunub. “Əgər məndən sonra məscidin memarını axtarsalar, səkkizinci İmamdan sonrakı adla adlanıram”,-deyə kitabədə yazılıb. Səkkizinci İmam Əliyən-Rzadan (ə.s) sonra İmam onun oğlu Məhəmməd Təqi (ə.s) olub.
İbadətgahın bir günbəzi və bir minarəsi var. Məscidin binası və minarəsi tam olaraq kərpicdən inşa olunub. Günbəz və minarənin üstü qızılı rəngli dəmirlə üzlənib. 1918-ci ildə ermənilərlə müharibə zamanı məscidin minarəsi top atəşi nəticəsində zədələnib. Həmin zədə məşhur rəssam Bəhruz Kəngərlinin 1920-ci ildə orijinal məscididdən çəkdiyi rəsmdə görünür. Sonradan minarə bərpa olunub.
Sovet dövründə ibadətgah Naxçıvanda fəaliyyət göstərən yeganə məscid olub. Yalnız 1946-ci ildə təqribən iki il müddətində məscid bağlı qalıb.
2077-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin göstərişi ilə Cümə məscidində əsaslı təmir-bərpa işləri aparılıb.
Mənbələr:
- Azərbaycan Respublikası məscidlərinin ensiklopediyası. Bakı-2001.
- AMEA. Naxçıvan abidələri ensiklopediyası. Naxçıvan-2008.
- http://imp.nakhchivan.az